Speeding up the diagnosis of multidrug-resistant tuberculosis in a high-burden region with the use of a commercial line probe assay / Agilizando o diagnóstico da tuberculose multirresistente em uma região endêmica com o uso de um teste comercial de sondas em linha

ABSTRACT Objective: To evaluate the rapid diagnosis of multidrug-resistant tuberculosis, by using a commercial line probe assay for rifampicin and isoniazid detection (LPA-plus), in the routine workflow of a tuberculosis reference laboratory. Methods: The LPA-plus was prospectively evaluated on 341 isolates concurrently submitted to the automated liquid drug susceptibility testing system. Results: Among 303 phenotypically valid results, none was genotypically rifampicin false-susceptible (13/13; 100% sensitivity). Two rifampicin-susceptible isolates harboured rpoB mutations (288/290; 99.3% specificity) which, however, were non-resistance-conferring mutations. LPA-plus missed three isoniazid-resistant isolates (23/26; 88.5% sensitivity) and detected all isoniazid-susceptible isolates (277/277; 100% specificity). Among the 38 (11%) invalid phenotypic results, LPA-plus identified 31 rifampicin- and isoniazid-susceptible isolates, one isoniazid-resistant and six as non-Mycobacterium tuberculosis complex. Conclusions: LPA-plus showed excellent agreement (≥91%) and accuracy (≥99%). Implementing LPA-plus in our setting can speed up the diagnosis of multidrug-resistant tuberculosis, yield a significantly higher number of valid results than phenotypic drug susceptibility testing and provide further information on the drug-resistance level.

RESUMO Objetivo: Avaliar o diagnóstico rápido de tuberculose multirresistente, utilizando um teste comercial de sondas em linha (LPA-plus), na rotina de um laboratório de referência de tuberculose. Métodos: O teste LPA-plus foi avaliado prospectivamente em 341 isolados simultaneamente submetidos ao teste de suscetibilidade aos antimicrobianos em meio líquido, pelo sistema automatizado. Resultados: Entre os 303 resultados fenotipicamente válidos, nenhum foi genotipicamente falso suscetível à rifampicina (13/13; 100% de sensibilidade). Dois isolados sensíveis à rifampicina apresentavam mutações no gene rpoB (288/290; especificidade de 99,3%), as quais, no entanto, não são associadas à resistência a rifampicina. O LPA-plus não identificou resistência à isoniazida em três isolados fenotipicamente resistentes (23/26; 88,5% de sensibilidade) e detectou todos os isolados sensíveis à isoniazida (277/277; especificidade de 100%). Entre os 38 (11%) resultados fenotípicos inválidos, o LPA-plus identificou 31 isolados sensíveis à rifampicina e à isoniazida, um resistente à isoniazida e seis como micobactérias não tuberculosas. Conclusões: O LPA-plus mostrou excelente concordância (≥91%) e acurácia (≥99%). Sua implementação pode acelerar o diagnóstico da tuberculose multirresistente, produzir número significativamente maior de resultados válidos do que o teste fenotípico de suscetibilidade aos antimicrobianos e fornecer informações adicionais sobre o nível de resistência aos fármacos.

Preanalytical conditions can interfere with M. tuberculosis detection by PCR in respiratory samples

OBJECTIVES: Tuberculosis is one of the most prevalent infections in humans. Although culture is the reference for diagnosis, its sensitivity is compromised, especially in paucibacillary samples. Because polymerase chain reaction (PCR) amplifies mycobacterial DNA, it is more sensitive than culture for the diagnosis of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). However, its performance can be affected by intrinsic sample inhibitors and by the extraction/detection techniques used. METHODS: We evaluated the influence of preanalytical conditions on Mtb detection in samples of sputum (SPU), bronchoalveolar lavage (BAL), and pleural fluid (PF) using combinations of extraction/detection methods. Respiratory samples were prepared to contain different concentrations of red blood cells and nucleated cells to which increasing amounts of Mtb colonies were inoculated and submitted to PCR. RESULTS: Up to 102 CFU/ml of Mtb were detected in the SPU in all methods, except for the Roche extraction/detection method, regardless of the preanalytical sample condition. In BAL samples, medium and high concentrations of cells and high concentrations of red blood cells contributed to a lower Mtb detection, regardless of the extraction method used. In PF, red blood cells were the variable that most interfered with Mtb detection, with better recovery (102 CFU/ml) observed with the Qiagen/Nanogen combination. CONCLUSION: The choice of Mtb extraction and detection method is of fundamental importance for PCR analytical sensitivity, especially when paucibacillary samples and/or samples containing potential PCR inhibitors are analyzed.

Metallo-beta-lactamases among imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in a Brazilian university hospital

INTRODUCTION: Imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa resulting from metallo-β-lactamases has been reported to be an important cause of nosocomial infection and is a critical therapeutic problem worldwide, especially in the case of bacteremia. OBJECTIVES: To determine the frequency of metallo-β-lactamases among imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates and to compare methods of phenotypic and molecular detection. METHODS: During 2006, 69 imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa samples were isolated from blood and tested for metallo-β-lactamase production using both phenotypic methods. Minimal Inhibitory Concentratrions (MIC) (μg/mL) was determined with commercial microdilution panels. Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) was performed among metallo-β-lactamase producers. RESULTS: Of all the blood isolates, 34.5 percent were found to be imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa. Positive phenotypic tests for metallo-β-lactamases ranged from 28 percent-77 percent, and Polymerase Chain Reaction (PCR) were positive in 30 percent (of note, 81 percent of those samples were blaSPM-1 and 19 percent were blaVIM-2). Ethylenediamine tetracetic acid (EDTA) combinations for the detected enzymes had low kappa values; thus, care should be taken when use it as a phenotypic indicator of MBL. Despite a very resistant antibiogram, four isolates demonstrated the worrisome finding of a colistin MIC in the resistant range. PFGE showed a clonal pattern. CONCLUSION: Metallo-β-lactamases among imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa were detected in 30.4 percent of imipenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates. This number might have been higher if other genes were included. SPM-1 was the predominant enzyme found. Phenotypic tests with low kappa values could be misleading when testing for metallo-β-lactamases. Polymerase Chain Reaction detection remains the gold standard.

Guidelines on management of human infection with the novel virus influenza A (H1N1): a report from the Hospital das Clínicas of the University of São Paulo

The pandemic novel influenza A (H1N1) infection was considered widespread in Brazil on July, 2009. Since then, 9.249 cases were confirmed in Brazil, most of them concentrated in São Paulo. The Hospital das Clínicas of the University of São Paulo is a reference center for H1N1 cases in São Paulo. The purpose of this review is to analyze the evidence concerning diagnosis, prevention, and treatment of novel influenza A (H1N1) infection. In addition, we propose guidelines for the management of this pandemic emphasizing Hospital das Clínicas "bundles" for the control of the pandemic novel influenza A (H1N1).

Epidemiology of human infection with the novel virus influenza A (H1H1) in the Hospital das Clínicas, São Paulo, Brazil - june-september 2009

The pandemic novel influenza A (H1N1) infection was considered widespread in Brazil on July 16, 2009. Since then, 46,810 cases of acute respiratory syndrome have been reported in Brazil, most of them concentrated in São Paulo. Through September 16, we have confirmed 9,249 cases of novel influenza A H1N1in Brazil, including 699 deaths. The mortality rate observed in Brazil is 0.47/100,000 inhabitants and varies according to region. In this period, São Paulo registered 3733 cases (40.3 percent of the total) of novel influenza A (H1N1) infection and 327 deaths, reflecting a mortality rate of 0.79/100,000 inhabitants. The Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC) is a reference center for H1N1 cases in São Paulo. During the winter of 2009, 472 patients in this hospital were diagnosed with H1N1 infection; of these, 210 were admitted, and 16 died. To control this pandemic and to provide adequate care for these patients, the Hospital das Clínicas implemented "bundles" including prevention strategies, an epidemiologic surveillance service, availability of fast diagnosis, antiviral treatment and training of staff. The purpose of this manuscript is to describe the epidemiologic features of novel human influenza A (H1N1) infection in the Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo during the winter period of the 2009 pandemic.

Pesquisa do vírus herpes simples na saliva de pacientes com paralisia facial periférica de Bell / Herpes simplex virus in the saliva of peripheral Bell's palsy patients

Os primeiros herpes-vírus a serem descritos foram os tipos 1 e 2, cuja denominação é herpes simplex 1 e 2 ou HSV-1 e HSV-2. Estes vírus possuem características biológicas particulares, tais como a capacidade de causar diferentes tipos de doenças, assim como estabelecer infecções latentes ou persistentes por toda a vida dos hospedeiros e de serem reativados causando lesões que podem se localizar no sítio da infecção primária inicial ou próxima a ele. Postula-se que a reativação deste vírus no gânglio geniculado esteja relacionada com a paralisia de Bell. Nesta situação, os vírus, que estariam latentes neste gânglio, sofreriam reativação e replicação difundindo-se pelo nervo facial e seus ramos, dentre eles o nervo corda do tímpano, que ao estimular a secreção salivar possibilitaria a identificação do DNA viral na saliva dos pacientes. Até recentemente, um grande número de pacientes eram diagnosticados como portadores de uma forma desta paralisia, chamada de idiopática ou de paralisia de Bell. Com o advento da técnica de estudo do DNA viral pelo método da reação da polimerase em cadeia (PCR), diversos autores encontraram DNA do vírus herpes simplex tipo I no líquido cefalorraquidiano, na secreção lacrimal, na saliva e nos gânglios geniculados de pacientes com paralisia de Bell. OBJETIVO: observar a prevalência do vírus herpes simplex tipo I pela técnica de PCR, na saliva de pacientes com PFP de Bell, relacionando-a com a evolução clínica destes casos. METODOLOGIA: Avaliamos 38 pacientes portadores de Paralisia Facial Periférica de Bell, que foram submetidos a anamnese, exame médico geral e otorrinolaringológico e coleta de saliva para detecção do DNA viral pela técnica de PCR. O grupo controle correspondeu a 10 adultos normais. RESULTADOS: Obtivemos positividade para o DNA viral em 11 casos dos 38 avaliados, o que corresponde a 29 por cento da amostra. Este resultado foi estatisticamente significante se comparado ao grupo controle, no qual não foi obtido nenhum caso de positividade. CONCLUSÃO: Concluiu-se que a presença do HSV-1 na saliva de pacientes portadores de PFP de Bell indica que a reativação viral pode ser a etiologia desta doença. A detecção do vírus na saliva destes pacientes não influencia o prognóstico da doença.

The first herpes virus to be described was types 1 and 2, whose denomination is herpes simplex 1 and 2 or HSV -1 and HSV -2. These viruses have specific biological characteristics, such as the ability to cause different kinds of diseases, as well as to establish host's latent or persistent lifetime infections and also of being reactivated, causing lesions that can be located at the same site of the initial primary infection or close to it. It is suggested that this virus reactivation in the geniculate ganglion may be related to Bell's palsy. In this situation, the viruses that would be latent in this ganglion, would suffer reactivation and replication, then be diffused through the facial nerve and its branches, among them the chorda tympani nerve, which by stimulating salivary secretion would enable the identification of the viral DNA in the patientsÆ saliva. Until recently, a great number of patients was diagnosed as holders of this kind of paralysis, named idiopathic or Bell's palsy. With the introduction of the technique studying the viral DNA by Polymerase Chain Reaction (PCR), several authors have found herpes simplex virus type I DNA in the cerebrospinal fluid, in the lachrymal secretion, in the saliva and in the geniculate ganglia of patients with Bell's palsy. AIM: observe the occurrence of herpes simplex type I virus using PCR technique in the saliva of patients with BellÆs palsy and relating it to the clinical evolution of these cases. METHODOLOGY: We evaluated 38 patients with Bell's palsy submitted to anamnesis, clinical and ENT examination and saliva sampling for viral DNA detection by PCR technique. The control group was ten normal adults. RESULTS: We found positive viral DNA in 11 cases out of the 38, which corresponded to 29 percent of the sample. This result was statistically significant if compared to the control group, in which we did not find any positive case. CONCLUSION: The end result was that the presence of HSV -1 in the saliva of patients with Bell's palsy indicating that the viral reactivation can be the etiology of this disease. The detection of the virus in these patients saliva does not influence the disease prognosis.

Atividade in vitro do ciprofloxacin frente a microrganismos multirresistentes isolados de casos de infecçäo hospitalar / In vitro activity of ciprofloxacin against isolated multiresistant microorganisms of cross infection cases

Apresenta-se um estudo da atividade inibitória in vitro do ciprofloxacin, um novo derivado carboxiquinolono, frente a 240 cepas de microrganismos multirresistentes isolados de casos de infecçäo hospitalar. Foram utilizadas 42 cepas de Acinetobacter calcoaceticus, 51 de Pseudomonas aeruginosa, 49 de Serratia marcescens, 50 de Klebsiella pneumoniae e 48 de Staphylococcus aureus, as quais foram submetidas às provas de sensibilidade pela técnica da diluiçäo em ágar e da difusäo do disco em ágar. Os seguintes valores foram considerados para a interpretaçäo dos resultados: hallo <- 15mm, resistente (MIC > 2,0microng/ml); halo de 16 a 20mm, intermediário (1,0 < MIC <- 2,0 microng/ml); halo >- 21mm, sensível (MIC <- 1,0 microng/ml). Os resultados mostraram sensibilidade para 93,4% das cepas; 4,1% apresentaram resultados na faixa intermediária, 2 e 2,5% foram resistentes, sendo que, destas, maior incidência ocorreu frente a amostras de A. calcoaceticus. Conclue-se que, do ponto de vista laboratorial, o ciprofloxacin está indicado na terapêutica de infecçöes causadas por bactérias consideradas multirresistentes

Novo método para a rápida identificaçäo presuntiva dos estreptococos beta-hemolíticos do Grupo B (Streptococcus agalactiae) / New method for rapid presuntive identification of group B beta-hemolytic (Streptococcus agalactiae)

A alta taxa de morbidade e mortalidade nas infecçöes causadas pelos estreptococos beta hemolíticos do grupo B (S. agalactiae) torna de grande importância a rápida e precisa identificaçäo desta bactéria. Os autores introduzem uma nova metodologia para a evidenciaçäo do fenômeno lítico de hemácias de carneiro quando da interaçäo do fator CAMP com a beta-lisina estafilocócica. A prova é realizada em tubos contendo suspensäo de hemácias de carneiro, aos quais é adicionado um disco de papel de filtro impregnado com a beta-lisina estafilocócica. Após inoculaçäo com o estreptococo a ser testado, procede-se a leitura da prova a partir de 2 h de incubaçäo a 35 - 37-C. Das 31 cepas de S. agalactiae testadas pelo novo método, todas apresentaram positividade para a prova, demonstrando 100% de correlaçäo com a prova do CAMP convencional, realizado em placas de ágar-sangue com leitura de 18 a 24 h

Aspectos etiopatogénicos da moléstia inflamatória pélvica aguda / Etiologic aspects of acute pelvic inflammatory disease

Objetivando avaliar a incidência dos germes implicados na etiopatogênese da moléstia inflamatória pélvica aguda (MIPA), foram estudadas 20 pacientes pesquisando-se a flora vaginal e endocervical entre abril e setembro de 1983. O diagnóstico presuntivo da MIPA foi estabelecido através de critérios clínicos mas sempre confirmado por laparoscopia (16 casos) ou laparotomia (quatro casos) Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis e Ureaplasma urealyticum foram isolados, ao lado de outros germes aeróbios e anaeróbios em índices porcentuais respectivos de 30,0%, 40,0% e 65,0%

A anti-sepsia das maos no preparo da equipe cirurgica. / Hand asepsis in the preparation of the surgical team

Foi estudada a anti-sepsia pre-operatoria das maos em 30 estudantes preparados em condicoes semelhantes as dos componentes da equipe cirurgica. Para o experimento os estudantes foram divididos em tres grupos: grupo testemunha em que a ecovacao das maos e antebracos era feita exclusivamente om agua e sabao comum; grupo alcool iodado com a anti-sepsia completada com a aplicacao de alcool-iodado e grupo PVPI, em que a escovacao era feita com o uso de solucao de polivinil pirrolidona-iodo (PVPI). Terminada a anti-sepsia vestiam aventais e luvas esterilizados, durante periodos estabelecidos de 30, 60 e 120 minutos, simulando o trabalho operatorio. Antes do inicio da escovacao ao final da anti-sepsia das maos e ao termino dos prazos estabelecidos com o uso da vestimenta cirurgica,eram colhidas amostras na superficie das maos e dedos, para cultura e exame bacteriologicos. Pelos resultados obtidos concluiu-se que a escovacao seguida da aplicacao de alcool-iodado tem o melhor poder anti-septico imediato e a feita com PVPI tem acao mais duradoura, impedindo o retorno dos microrganismos a superficie cutanea. Recomenda-se a anti-sepsia com o uso de povidone principalmente nas cirurgias mais demoradas

Presenca de bacilos gram-positivos nao fermentadores em materiais clinicos. / Nonfermentative Gram negative bacteria in clinical samps

Apresenta-se uma sequencia de provas para a classificacao de bacterias Gram negativas nao fermentadoras. As amostras foram isoladas de materiais clinicos diversos, oriundas de clinicas hospitalares. Em um periodo de 10 meses 80 cepas de bacilos Gram-negativos nao fermentadores foram isoladas e classificadas, tendo-se identificado 9 diferentes tipos. Com a finalidade de facilitar a classificacao, elaboraram-se tabelas que incluem caracteristicas de cultivo e bioquimismo. Os microrganismos foram divididos em grupos baseados no teste de oxidacao-fermentacao da glicose. Paralelamente, observou-se e discutiu-se o comportamento das cepas isoladas frente aos antibioticos de uso mais frequente, bem como teceram-se consideracoes sobre as vias utilizadas por estes agentes bacterianos para a obtencao da energia de que necessitam. Estas bacterias tem sido responsabilizadas por processos graves e sua capacidade de desenvolver resistencia a antibioticoterapia tem revelado um incremento nos ultimos anos